Le Collège des Fontaines fait bénéficier à ses élèves des enseignements suivants :
> Français
> Mathématiques
> Histoire-Géographie
> Enseignement Moral et Civique
> Sciences et Vie de la Terre
> Physique-Chimie
> Technologie
> Education Physique et Sportive
> Arts Plastiques
> Education Musicale
Langues :
> Anglais (LV1)
> Allemand (LV2)
> Italien (LV2)
> Latin (Option)